佐助率领的大明“靖海舰队”，如同天神下凡，出现在南洋海域。这支舰队不仅拥有兰芳时期积累的先进战船和火器，更有来自大明本土的资源和人力支持，其规模和战力，远非昔日可比。
面对如此强大的力量，南洋各方势力的反应各不相同。
兰芳基地的原有华人和其他归附势力，自然是箪食壶浆，迎接王师。他们本就是朱遵铭的旧部，如今“主上”荣登大宝，派来大军整合南洋，他们自然是最大的受益者，积极配合各项政策的推行。
那些曾与兰芳有过合作、或对葡萄牙人心怀不满的土著部落和地方苏丹，在阿三的斡旋和看到大明舰队的实力后，大多也选择了顺应大势。他们派出使者，向大明皇帝表示臣服，接受“册封”（给予名义上的封号和有限的自治权），并同意在境内推行大明的法律（部分条款根据当地习俗调整）、税制和贸易规则。对于他们而言，与其被强悍的大明征服，不如主动归附，换取和平与实际的利益。
当然，也有一些势力，或因为与葡萄牙人勾结过深，或因为不愿放弃手中的权力和利益，选择了负隅顽抗。例如盘踞在婆罗洲南部某个港口、依靠海盗和走私发家的苏丹；以及一些受到荷兰、西班牙等新来的西方势力暗中支持、试图挑战大明权威的地方武装。
对于这些顽固分子，佐助则展现出了他冷酷而高效的一面。
面对那个海盗苏丹，佐助没有进行旷日持久的围城战。他利用精准的情报，在一个夜晚，亲率“龙骧卫”发动了斩首突袭！凭借“乌金”铠甲的防护和犀利的武器，他们如同鬼魅般潜入苏丹的宫殿，在对方反应过来之前，便将苏丹及其核心头目斩杀殆尽！随后，大军压境，港口不战而降。
对于那些得到西方势力支持的地方武装，佐助则利用兰芳海军的优势，封锁其港口，切断其与外界的联系。同时，派出精锐部队，利用火炮优势，摧毁其据点，歼灭其有生力量。几次干净利落的打击之后，那些西方势力也意识到无法与强大的明帝国海军抗衡，只能暂时收敛爪牙。
在佐助雷霆万钧的军事行动配合下，彼得的“科技兴邦”计划也得以顺利推行。改良的农具、高产的稻种被分发到各地；水利工程开始修建，灌溉着干旱的土地；小型的冶炼作坊和造船厂在关键港口建立起来；教授基础算术、汉语和实用技术的学堂也开始招收当地的孩童。
阿三则深入各个族群，了解他们的文化和信仰，帮助调解纠纷，宣扬和平与融合。在他的努力下，许多不同信仰、不同习俗的族群，开始逐渐放下彼此的隔阂，认同自己“大明南洋子民”的新身份。
苏麻喇和陈阿海更是如鱼得水。在统一政权的保护下，他们迅速建立起覆盖整个南洋主要岛屿的贸易网络。统一的度量衡和低廉而稳定的税率，极大地促进了商业的繁荣。海盗绝迹，商旅安全，港口日益兴旺。南洋丰富的香料、木材、矿产，源源不断地通过“南洋市舶司”输往大明本土和其他贸易伙伴，换回丝绸、瓷器、茶叶和手工业品，巨大的财富开始在帝国的血管中流动。
朱遵铭的政治手腕在此过程中展现得淋漓尽致。他并没有采取简单粗暴的首接统治，而是根据各地不同的情况，采取了灵活多样的管理模式：对于兰芳核心区和华人聚居区，推行与大明本土类似的郡县制；对于归附的苏丹和部落首领，则保留其部分自治权，设立“羁縻宣慰司”，由他们负责内部管理，但必须向朝廷纳贡、称臣，并接受朝廷派遣官员的监督；对于重要的港口和战略要地，则设立“镇守府”，派驻重兵，首接控制。
这种因地制宜、恩威并施的整合方式，既保证了中央的权威，又照顾了地方的实际情况和利益，最大限度地减少了阻力，使得整个整合过程异常迅速而高效。短短两年时间，曾经混乱不堪、势力林立的南洋，便初步形成了一个在弘光朝廷主导下的、统一的政治、经济和文化体系。
