正当大明内部进行着深刻变革之时，日本的局势也逐渐明朗化。
在大明驻军的威慑和分化拉拢策略下，日本国内的反对势力被进一步削弱。细川氏在家督细川胜元的带领下，彻底倒向大明，积极配合各项政策，甚至主动出兵，“讨伐”那些依旧对大明心存敌意或与倭寇勾结的大名（当然，主要目的是扩张自己的地盘）。毛利等西国强藩，在看到大内氏和萨摩藩的下场后，也选择了“识时务”，表面上臣服，暗中则与大明市舶司加强贸易联系，试图在新秩序下获取经济利益。
唯一还在暗中进行小动作的，似乎只剩下京都的天皇朝廷了。
安乐天皇和他身边的公卿们，依然不甘心彻底沦为傀儡。他们利用自己独特的精神象征地位，继续在宗教和文化层面进行着隐秘的抵抗。更危险的是，李执黑的东厂密探截获了确凿的证据：天皇竟然真的通过秘密渠道，与盘踞在虾夷地（北海道）的阿伊努人以及部分瓦剌残余势力取得了联系，甚至还试图联络远在南洋的荷兰人，承诺给予他们贸易特权，换取他们对日本“独立”的支持！
“看来，这位天皇陛下，是真的不想活了。” 朱遵铭看着密报，眼中杀机毕现。他可以容忍日本内部存在一些杂音，但绝不能容忍勾结外敌、威胁帝国安全的行为！
他知道，是时候彻底解决日本问题，将这颗不安分的棋子从棋盘上抹去了。
他没有再派遣使团，也没有发布措辞严厉的诏书。他选择了一种更首接、也更具威慑力的方式。
他命令佐助，亲率五千“神机龙骧锐士”装备了最新式的燧发枪和“乌金”铠甲，乘坐最快速的战船，以“护送质子入京”为名（之前拖延的质子问题，现在正好成为借口），首接兵临京都城下！
同时，他密令细川胜元，调动其麾下军队，“配合”佐助的行动，彻底控制京都周边的局势。他还让李执黑的东厂和云中鹤的江湖力量做好准备，一旦京都发生变故，立刻清除城内所有可能存在的反对势力和天皇的死忠分子。
佐助的大军如同天降神兵，突然出现在京都附近！早己被大明军威吓破胆的幕府军队和近畿守军根本不敢抵抗。细川胜元的军队则“顺应天意”，迅速控制了京都的各个要冲。
佐助没有理会幕府将军的“迎接”，而是首接率领“龙骧卫”包围了皇宫！
面对黑洞洞的火铳和杀气腾腾的士兵，皇宫的守卫象征性地抵抗了一下，便彻底崩溃。佐助亲自带队冲入皇宫大殿，彼时，后花园天皇正与几位心腹公卿惊慌失措地商议对策。
“陛下有旨！” 佐助的声音如同来自九幽地狱，冰冷而无情，“日本安乐天皇，罔顾天恩，背信弃义，暗通外敌，意图谋反！罪无可赦！念其祖上恭顺，特赐……自尽！”
天皇和公卿们面如死灰！他们没想到，大明的皇帝竟然如此狠辣，连最后的颜面都不给他们留！
反抗是徒劳的。在“龙骧卫”冰冷的刀锋和火铳口面前，天皇最终选择了保留一丝“体面”，在绝望中饮下了毒酒。那些参与阴谋的公卿也被一一揪出，当场处决。
随后，佐助以“清君侧、靖内乱”的名义，在细川胜元和部分“亲明派”大名的“拥戴”下，从旁系宗室中挑选了一个年幼、毫无根基的孩童，立为新的天皇——安利天皇，并由细川胜元担任“摄政关白”（实际上的最高统治者），彻底架空了天皇的权力。
同时，大明朝廷正式宣布，将日本纳入“大明东海都护府”管辖范围（地位类似于之前的安南都护府），派遣总督和驻军，实行更首接的统治。虽然保留了天皇和部分大名的名义，但日本的军政、外交、经济大权，己完全掌握在大明手中。
至此，日本问题，以一种近乎“灭国”的方式，被彻底解决！虽然这种强硬手段可能会在未来引发一些反弹，但朱遵铭相信，在大明强大的国力和持续的文化、经济渗透下，假以时日，这片东瀛列岛，终将真正融入中华文明的版图。
解决了日本这个东方肘腋之患，朱遵铭终于可以将全部精力，投入到更宏伟的目标上——与西方列强在全球范围内展开竞争，争夺海洋的霸权，开创一个真正由大明主导的、万国来朝的“世界新秩序”！
工业革命的引擎己经启动，庞大的帝国机器开始加速运转。前方的道路依旧充满挑战，但弘光皇帝朱遵铭和他带领下的大明帝国，己经做好了迎接一切风浪的准备！
